Le ministère de la Santé a confié les tests de séquençage à Abiolabs pour détecter la présence de variants. Cependant, le Dr Kailesh Jagutpal avait dit, lors d’une conférence de presse du National Communication Committee (NCC), que le laboratoire n’avait pas les moyens pour faire ces tests. Qu’en est-il réellement ? Pourquoi les analyses prennent tant de temps ? Réponses avec Vincent Lagarde, du laboratoire Abiolabs. 

Le ministère de la Santé vous a-t-il approché pour le séquençage ?
Oui, effectivement. Abiolabs est le laboratoire qui a été mentionné lors des conférences de presse du NCC à la télé. Nous avons eu l’autorisation officielle du ministère de procéder au séquençage des échantillons le 6 mars. Par la suite, ceux-ci ont été récupérés du laboratoire de l’hôpital Victoria, à Candos, les 8 et 9 mars. 

Est-ce qu’il y a des variants parmi les cas locaux que vous avez traités ? 
Les résultats sont confidentiels… Mais oui, il y a des variants.

Avez-vous communiqué ces résultats aux autorités ?
Les autorités compétentes ont été informées que le rapport final serait prêt le 15 mars. Mais nous attendons toujours la signature du Memorandum of Understanding (MoU) entre le ministère de la Santé et notre laboratoire, afin de ventiler les résultats. Cependant, même avant la signature du document, j’avais demandé à notre équipe de travailler car la situation était urgente. 

Nous sommes à 172 cas locaux (ndlr : 184 à ce samedi 20 mars) et, pour l’instant, les autorités disent ne pas savoir que des variants circulent. Leur aviez-vous soumis vos résultats ?
Vous comprenez bien que, par exemple, pour pouvoir livrer des masques il nous faut avoir une commande officielle. C’est la même chose lorsqu’il s’agit de faire des tests. Nous avons soumis un premier draft du MoU le 10 mars et un deuxième draft le 17 mars. Nous attendons toujours une réponse. Cependant, nous avons quand même envoyé les résultats au Dr Zouberr Joomaye le 18 mars, et au laboratoire de l’hôpital Victoria le lendemain.

Les échantillons ont été récupérés le 8 mars et les résultats obtenus le 15 mars. Cela fait une semaine. Or, vous aviez affirmé qu’il était possible de les avoir en 24 heures. D’où provient le problème ?
Pour faire le séquençage, il faut des primers. Par chance, avant le second lockdown, nous en avions commandé pour détecter spécifiquement les variants anglais, sud-africain et brésilien. Les primers sont arrivés le 8 mars. Cependant, il faut plusieurs semaines pour développer ces primers fabriqués à l’étranger. Et environ quatre jours pour les valider et effectuer un contrôle qualité. 

L’exercice de séquençage a débuté le 12 mars. Je précise que le 10 mars, nous étions en lockdown et les équipes ont néanmoins travaillé. Nous avons pris trois jours. Comme je l’ai déjà dit lors de la visite du ministre des Finances, nous pouvons faire des tests de séquençage en urgence, en 24 heures. Cependant, les tests en routine prennent en général trois jours ouvrables. Mais tout dépend, bien sûr, de la qualité de l’échantillon et de sa préservation. Il peut être nécessaire dans certain cas de refaire des tests, ce qui rallonge la procédure. C’est comme pour les tests PCR, si on a un doute, on relance un test.

Mais lors de la conférence de presse du NCC le 16 mars, le Dr Jagutpal a affirmé que le laboratoire ne peut pas donner les résultats pour les variants car il n’a pas les expertises requises pour faire les tests. Que pouvez-vous nous dire à ce sujet ?
Alors là, c’est un très grand mystère pour moi, surtout que nous avons une généticienne dans l’équipe. En tant que président du groupe Natec, et donc de notre laboratoire Abiolabs, je suis toujours là pour soutenir mes collaborateurs. Je fais 200 % confiance à nos équipes pour donner des résultats en temps et heure et de façon fiable.  Je ne comprends pas pourquoi le ministre Jagutpal a dit une telle chose. Il faut le lui demander. Je me tiens entièrement à sa disposition pour lui démontrer que les résultats sont prêts depuis le lundi 15 mars.

Combien d’échantillons avez-vous traités depuis le début ? 
Nous avons séquencé 17 échantillons et neuf ont donné des résultats. Encore une fois, je précise que nous connaissons les variants qui circulent à Maurice. 

Quid des autres échantillons ?
Les primers que nous avions commandés étaient prévus pour détecter trois variants seulement. En ce qui concerne les huit autres échantillons, nous allons recevoir des primers complémentaires la semaine prochaine. Ils pourront tout détecter. 

Entre-temps, les échantillons ont été envoyés en Afrique du Sud…
Encore une fois, je ne comprends pas cette décision. Nous avons besoin d’avoir ces résultats rapidement. Au vu des connections aériennes actuelles, il me semble aléatoire de recevoir des résultats rapides de l’étranger. Mais le ministère a tout à fait le droit de continuer à en faire pour valider nos résultats et/ou pour avoir un second avis. Nous sommes d’ailleurs prêts à comparer nos résultats avec ceux du laboratoire sud-africain en toute transparence et ainsi valider nos compétences ou pas.

Combien coûte un test de séquençage ?
Les prix ont drastiquement chuté avec les appareils Next Generation Sequencing et se calculent en fonction du nombre d’échantillons à traiter simultanément. Par exemple, le set de 24 échantillons est du même ordre de prix que peut faire un laboratoire international, c’est-à-dire environ Rs 3 200 par échantillon. Sauf qu’avec nous, il n’y a pas de frais de port et pas d’attente. 

Faudrait-il augmenter ce nombre ?
Un des points essentiels à mettre en place, c’est le séquençage systématique pour tous les cas positifs. C’est effectivement une chose essentielle à implémenter afin de suivre l’évolution de la contamination et faciliter la recherche du patient zéro, chose que l’on peut difficilement faire à ce jour. Je propose que dans le futur, tous les passagers arrivant à Maurice et testés positifs au Covid 19 à J1, J7 et J14 soient séquencés dans la semaine suivante.

<p>Sollicité sur la signature du MoU, le ministère de la Santé est resté silencieux. Quant au Dr Zouberr Joomaye, il a affirmé ne pas en être au courant. Quant aux résultats qui lui ont été communiqués, le porte-parole du NCC a dit qu&rsquo;il ne fera pas de commentaires à ce stade et que les résultats seront communiqués la semaine prochaine.</p>