Les résultats du séquençage du virus ont été révélés par le ministre Kailesh Jagutpal au Parlement mardi dernier dans une réponse au Dr Farhad Aumeer, député travailliste. Le ministre de la Santé a non seulement révélé la présence des variants sudafricain et anglais dans les cas importés, mais il a aussi donné une indication sur le virus qui circule à Maurice. Il s’agit d’un variant of interest et Maurice est le pays où la prévalence est la plus élevée.

Les catégories de variants

Le ministre de la Santé a précisé qu’il s’agit d’un variant of interest. Un variant est catégorisé comme intéressant ou under investigation lorsque les mutations des piques de protéines du virus sont soupçonnées de lui conférer des propriétés différentes du virus original ou d’autres variants. Par exemple, si les instances soupçonnent qu’un variant se transmet plus vite, est plus virulent ou touche d’autres catégories de personnes, des études sont entamées pour le comprendre et analyser les données. Après l’analyse des résultats et une évaluation des risques, si les faits sont avérés, le virus of interest ou under investigation est ensuite catégorisé comme variant of concern, comme cela a été le cas pour les variants sud-africain, brésilien, anglais et indien.

Notons que certains virus présentent des mutations qui ne changent pas leur fonctionnement et sont catégorisés comme des variants of no concern. Pour l’heure, il n’a pas été prouvé que le B.1.1.318, classé variant under investigation le 24 février, est plus transmissible ou plus dangereux que les autres.

 La prévalence

Le B 1.1.318 est présent dans 34 pays, mais il n’est pas très répandu. Maurice est le premier pays où la prévalence est si forte. Selon les chiffres annoncés au Parlement, sur les 135 échantillons de cas locaux envoyés en Afrique du Sud entre le 4 février et le 28 mars, la présence du variant B 1.1.318 a été détectée dans 122 cas, ce qui fait un taux de présence de 90,37 %.

Selon le site outbreak.info, qui recense la distribution des variants, le deuxième pays sur la liste est le Togo, où il a été détecté dans huit échantillons sur 113, soit une prévalence de 7 %. Ensuite, il y a le Gabon (dix cas sur 145 séquençages, 7 %), le Nigeria (20 cas sur 681 séquençages, 3 %), la Grèce (25 cas sur 1 123 séquençages, 2 %) et le Canada (284 cas sur 32 654 séquençages, 1 %).

Au niveau international, ce variant représente tout au plus 1 % des échantillons séquencés par jour. Sa faible prévalence est, selon les informations disponibles pour l’heure, due à la présence d’autres variants avec des caractéristiques plus fortes qui circulent dans d’autres pays. Maurice est pour l’heure à l’abri de ces variants of concern.

L’origine

Le B 1.1.318 a été particulièrement vu chez les Grecs. D’ailleurs, il est le deuxième variant le plus détecté en Grèce. Des études ont attribué son origine au Nigeria, mais ce variant a été séquencé pour la première fois en Angleterre. 

Les mutations

Rappelons qu’une mutation des piques de protéines peut avoir deux effets sérieux sur un virus. Elle peut le rendre plus transmissible ou encore, le rendre plus résistant aux vaccins. Le B.1.1.318 présente cinq mutations, dont plusieurs ont déjà été détectées sur d’autres variants. Il y a la mutation E484K, détectée sur les variants sud-africains.Il a été noté que cette mutation a une incidence sur la résistance aux vaccins.

Ensuite, il y a la mutation T95I, détectée dans le variant new-yorkais B.1.526. Cette mutation a été associée à des réinfections de personnes vaccinées, particulièrement en France. Cependant, il n’a pas été établi si les patients ont été infectés avant l’administration de la deuxième dose du vaccin. Tous ont présenté des symptômes légers.

Il y a aussi la mutation P681H, décelée sur le variant anglais. Cette mutation a été associée à la transmissibilité rapide du virus.

La mutation 144del du B 1.1.318 est aussi commune aux variants newyorkais et anglais.

Puis, il y a la mutation D796H et les études ont dé- montré qu’elle réduit la vitesse de transmission.

 Faut-il en avoir peur ?

Les effets individuels des mutations peuvent changer le comportement du virus de plusieurs façons. Il peut être plus transmissible, moins transmissible ou encore, plus résistant au système immunitaire. Que veulent dire ces informations ?

Réponse : on ne sait pas pour l’instant… Houriiyah Tegally, doctorante en bioinformatiques, explique. «Il est impossible de faire une équation entre plusieurs mutations simplement en regardant les données. La seule manière de procéder est d’analyser le comportement du virus dans la population.» Dans la foulée, elle précise que l’équilibre des effets contradictoires des mutations individuelles présentes dans le même virus – en l’occurrence le P681H et le D796H dans le variant qui circule ici – sont impossibles à déterminer.